主人公の高槻涼は、普通の高校生として幼馴染みの赤木カツミと共に平和な日常を送っていた。しかし、転校生・新宮隼人の出現により、その日常は崩れ去る。隼人の左腕には「ARMS」という兵器が移植されており、それは涼の右腕にも移植されていたのだった。ARMSを巡り、謎の秘密結社「エグリゴリ」が暗躍を始める。同じく両足にARMSが移植された巴武士と、エグリゴリを裏切った天才少年のアルも加え、ARMSの手がかりを探るべく、エグリゴリによって滅ぼされた隼人の故郷・鐙沢村へと向かう。そしてそこには彼らの出生にまつわる驚愕の真実が隠されていた。
